Le prime notizie storiche, di origine farfense, risalgono al 1343. Il nome è di origine latina: il sostantivo in Penne deriva da pinnae, che richiama l’idea di una costruzione sulla roccia. L’originaria chiesa, a differenza di quella attuale, presentava una sola navata ed era priva sia dell’abside che delle due cappelle laterali. Queste ultime furono aggiunte solo nel XVII secolo, durante un intervento di restauro che comportò anche il cambio di intitolazione della chiesa in Sant’Angelo. Con un secondo restauro, avvenuto tra la fine del XIX e l’inizio del XX secolo, il luogo di culto tornò a essere dedicato a San Pietro in Penne.
